Phép lai phân tích là một phương pháp để phân tích di truyền liên kết giữa các gen. Khi hai gen nằm gần nhau trên cùng một nhiễm sắc thể, chúng sẽ được truyền đi cùng nhau trong quá trình phân li. Tuy nhiên, khi hai gen nằm trên các nhiễm sắc thể khác nhau, chúng sẽ được phân li độc lập và có thể kết hợp với các allel khác của các gen khác. Ví dụ, nếu ta xét hai gen A và B nằm trên cùng một nhiễm sắc thể, và gen C nằm trên nhiễm sắc thể khác. Nếu ta lai giữa một cá thể mang hai allel khác nhau của gen A và B với một cá thể mang hai allel khác nhau của gen A và C, ta sẽ thu được tỷ lệ kiểu genotyptes khác nhau giữa các con cháu. Nếu gen A và B liên kết chặt chẽ, ta sẽ thấy tỷ lệ kiểu genotyptes AB và ab cao hơn so với tỷ lệ kiểu genotyptes Ac, aC, AC, và aB. Tuy nhiên, nếu gen A và B phân li độc lập, ta sẽ thấy tỷ lệ kiểu genotyptes AB và ab tương đương với tỷ lệ kiểu genotyptes Ac, aC, AC, và aB. Do đó, phép lai phân tích giúp phân biệt được hiện tượng di truyền liên kết gen và di truyền phân li độc lập.