Thành phố Tokyo thường bị nhầm lẫn là thủ đô của Nhật Bản. Tuy nhiên, đây chỉ là thủ đô tạm thời, nước này thực tế không có thủ đô chính thức. Tại nước Nhật, thủ đô chính là nơi ở của Thiên Hoàng. Từ năm 794 đến năm 1868, nơi ở của Thiên Hoàng đặt tại Kyoto. Sau năm 1868, trụ sở chính phủ và nơi ở của Thiên Hoàng chuyển về Tokyo. Năm 1950, chính phủ Nhật từng ra quyết định đặt thủ đô tại thành phố này. Tuy nhiên, 6 năm sau, các nhà lãnh đạo lại bãi bỏ quyết định. Vì vậy, đến nay, Nhật Bản không có thủ đô.