Theo truyền thống có từ lâu đời, cứ nơi ở của Thiên Hoàng sẽ được coi là thủ đô của Nhật Bản. Nhưng trong quá trình lịch sử thủ đô của Nhật Bản đã được đặt ở nhiều vị trí và địa điểm khác nhau. Từ năm 794 đến năm 1868, nơi ở Thiên Hoàng tại Kyoto, sau năm 1868 nơi ở của Thiên Hoàng và trụ sở của Chính phủ Nhật Bản được chuyển đến đặt tại Tokyo nên nhiều người cho rằng Tokyo là thủ đô của Nhật.Thực ra, không hề có một quyết định chính thức nào xác định Tokyo là thủ đô Nhật Bản mà chỉ có 1 vài bộ luật xác định 1 “khu vực thủ đô Nhật” trong đó có thành phố Tokyo.Năm 1950, Nhật Bản từng đưa ra quyết định Tokyo là thủ đô của Nhật, nhưng đến ngày 06/09/1986 chính phủ Nhật Bản bãi bỏ việc Tokyo là thủ đô của nước này, vì vậy Tokyo không phải là thủ đô của đất nước mặt trời mọc và đến ngày nay thì đất nước này vẫn không có thủ đô chính thức.