Ngôi nhà trên cây là câu chuyện kể về tình bạn trong sáng và hồn nhiên giữa Tốt-tô-chan và Ya-sư-a-ki. Tốt-tô-chan là một cô bé đáng yêu có trái tim ấm áp, giàu tình yêu thương. Cô bé đã gặp gỡ và kết bạn với Ya-sư-a-ki - một cậu bé bị bại liệt nhưng vẫn giữ cho mình một tâm hồn lạc quan. Tốt-tô-chan đã rất cảm thông với hoàn cảnh của Ya-sư-a-ki, nên rất yêu quý và muốn trở nên thân thiết với bạn. Tuy nhiên, cô không hề tỏ ra thương hại hay phân biệt đối xử với Ya-sư-a-ki. Trái lại, cô bé còn đối xử với cậu bạn một cách bình đẳng, khiến cậu bé không phải tự ti hay mặc cảm về bản thân mình khi ở cạnh cô bé. Để kỉ niệm cho tình bạn ấy, Tốt-tô-chan đã hẹn Ya-sư-a-ki ở ngôi nhà trên cây. Cậu bé Ya-sư-a-ki đã kiên cường vượt qua tất cả những trở ngại khi leo lên cây cùng với Tốt-tô-chan, nhờ vậy, cậu đã lên đến được ngôi nhà trên cây bằng chính sức lực của bản thân mình. Quang cảnh mà cậu bé Ya-sư-a-ki nhìn thấy ở ngôi nhà trên cây đã đem đến những cảm xúc và trải nghiệm thật khó tả. Tất cả những cảm xúc ấy khiến cậu càng thêm yêu quý và trân trọng tình bạn với Tốt-tô-chan.