Các con sông chảy qua địa bàn tỉnh Phú Thọ gồm có: 1. Sông Hồng (đoạn từ Lào Cai đến Việt Trì được gọi là sông Thao) 2. Sông Đà 3. Sông Lô Ngoài ra, còn có một số con sông ngòi nhỏ khác như Ngòi Lạt, Suối Quất, Suối Cái, Suối Vui, Suối Cháu, Suối Khoang Xanh, Suối Vai Chót, Suối Đá Mài (Thanh Sơn), Ngòi Xem, Ngòi Tre, Ngòi Tu Vũ, Ngòi Cái, Suối Sương (Thanh Thủy).