Chức năng chính của lysosome là phân hủy các sản phẩm thừa trong tế bào, bao gồm protein, axit nucleic, lipid và polysaccharide. Lysosome cũng tham gia vào quá trình tiêu diệt tế bào tổn thương, già hoặc chết. Ngoài ra, lysosome còn giúp bảo vệ cơ thể bằng cách loại bỏ các tế bào không còn chức năng và ngăn ngừa ngộ độc từ các sản phẩm dư thừa.