Trong vấn đề bảo vệ môi trường, ứng dụng sinh học mở ra tiềm năng xử lí ô nhiễm môi trường nhờ sự ứng dụng của các chủng vi sinh vật và thực vật có khả năng phân hủy các chất ô nhiễm. Các chế phẩm sinh học như chế phẩm vi sinh vật, các chế phẩm enzyme và các chất có hoạt tính sinh học được sử dụng để làm sạch và xử lí ô nhiễm môi trường, bảo vệ tính cân bằng của các hệ sinh thái.