Để xác định kiểu gen của cá thể mang tính trạng trội là đồng hợp tử hay dị hợp tử, ta có thể sử dụng phép lai phân tích. Phép lai phân tích là phép lai giữa cá thể mang tính trạng trội cần xác định kiểu gen với cá thể mang tính trạng lặn. Ví dụ: Giả sử ta có một cây hoa đỏ (AA) và một cây hoa trắng (aa). Ta muốn xác định kiểu gen của cây hoa đỏ. Ta thực hiện phép lai phân tích bằng cách lai cây hoa đỏ với cây hoa trắng. Nếu kết quả của phép lai là đồng tính, tức là tất cả cây con đều có hoa đỏ, thì cá thể mang tính trạng trội có kiểu gen đồng hợp tử (AA). Còn nếu kết quả phép lai là phân tính, tức là cây con có cả hoa đỏ và hoa trắng, thì cá thể đó có kiểu gen dị hợp tử (Aa). Tuy nhiên, để xác định chính xác kiểu gen của một cá thể mang tính trạng trội, cần phải tiến hành nhiều phép lai phân tích và phân tích kết quả của từng phép lai.