* Giai đoạn 1 (1739 - 1751):

+ Hoạt động ở vùng Sơn Nam (nay thuộc Hà Nam, Nam Định, Thái Bình).

+ Di chuyển lên vùng Tam Đảo (Vĩnh Phúc) và xây dựng căn cứ ở đây.

* Giai đoạn 2 (1751 - 1767):

+ Sau khi căn cứ Tam Đảo bị tấn công, Hoàng Công Chất lui quân về vùng Tây Bắc, hoạt động ở các địa bàn như Sơn La, Lai Châu, Điện Biên.

+ Xây dựng căn cứ ở xã Noọng Hét (thuộc Điện Biên) và duy trì cuộc khởi nghĩa trong 16 năm.

* Giai đoạn 3 (1767 - 1769): 

+ Từ căn cứ Noọng Hét, Hoàng Công Chất mở rộng hoạt động xuống vùng Thanh Hóa, Nghệ An.

+ Cuộc khởi nghĩa thất bại vào năm 1769 sau khi Hoàng Công Chất hy sinh trong trận chiến chống quân triều đình.