Ủy hội sông Mê Công gồm 3 bộ phận: 

1) Hội đồng

2) Ủy ban liên hợp

3) Ban thư ký.

Trong đó:

- Hội đồng là hội nghị cấp bộ hoặc chính phủ. Mỗi nước thành viên có một đại diện.

- Ủy ban liên hợp là hội nghị cấp vụ. Mỗi nước thành viên có một đại diện
- Ban thư ký là cơ quan giúp việc cho Hội đồng và Ủy ban liên hợp. Ban này có hơn 100 cán bộ