Hiện tượng thoái hóa do tự thụ phấn ở thực vật và do giao phối gần ở động vật xảy ra do việc tạo ra các cặp gen lặn đồng hợp gây hại. Khi qua các thế hệ tự thụ phấn hoặc giao phối gần, tỉ lệ thể đồng hợp tăng, tỷ lệ dị hợp giảm. Điều này dẫn đến việc tích lũy gen có hại trong quần thể, từ đó dẫn đến hiện tượng thoái hóa. Các loài thực vật như đậu hà lan, cà chua hay các loài động vật như chim bồ câu, chim cu gáy có xu hướng tự thụ phấn nghiêm ngặt hoặc giao phối gần mà không bị thoái hoá, bởi chúng hiện tại mang những cặp gen đồng hợp không gây hại cho chúng.